Kaspersky Security Center admite el uso de máquinas virtuales. Puede instalar el Agente de red y la aplicación de seguridad en cada máquina virtual, y puede proteger las máquinas virtuales a nivel del hipervisor. En el primer caso, puede usar una aplicación de seguridad estándar o Kaspersky Security for Virtualization o Light Agent para proteger sus máquinas virtuales. En el segundo caso, puede utilizar Kaspersky Security for Virtualization Agentless.
Kaspersky Security Center admite la reversión de máquinas virtuales a su estado anterior.